شکار انواع کووید: چگونه نوع جدید اومیکرون پیدا شد و آنچه تاکنون می دانیم

از اوایل همه‌گیری کووید، شبکه نظارت بر ژنومیک در آفریقای جنوبی تغییرات SARS-CoV-2 را زیر نظر داشت . این ابزار ارزشمندی برای درک بهتر نحوه انتشار ویروس بود. در اواخر سال 2020، شبکه دودمان ویروس جدیدی به نام 501Y.V2 را شناسایی کرد که بعداً به عنوان نوع بتا شناخته شد . اکنون یک نوع جدید SARS-CoV-2 شناسایی شده است – B.1.1.529 . سازمان بهداشت جهانی آن را یک نوع نگرانی اعلام کرده و نام Omicron را به آن اختصاص داده است. برای کمک به درک بیشتر، اوزایر پاتل از The Conversation Africa از دانشمندان خواست تا آنچه را که می دانند به اشتراک بگذارند.

علم پشت جستجو چیست؟

شکار انواع مختلف نیازمند تلاش هماهنگ است. آفریقای جنوبی و بریتانیا اولین کشورهای بزرگی بودند که در آوریل 2020 تلاش‌های پایش ژنومیک سراسری را برای SARS-CoV-2 اجرا کردند.

شکار متفاوت، به همان اندازه که هیجان انگیز به نظر می رسد، از طریق توالی یابی کل ژنوم نمونه هایی انجام می شود که آزمایش آنها برای ویروس مثبت بوده است. این فرآیند شامل بررسی هر توالی به‌دست‌آمده از نظر تفاوت‌ها در مقایسه با آنچه می‌دانیم در آفریقای جنوبی و جهان در گردش است، می‌شود. وقتی تفاوت‌های متعددی را می‌بینیم، بلافاصله یک پرچم قرمز بلند می‌شود و برای تأیید آنچه متوجه شده‌ایم، بیشتر بررسی می‌کنیم.

خوشبختانه آفریقای جنوبی به خوبی برای این کار آماده شده است. این به لطف یک مخزن مرکزی نتایج آزمایشگاهی بخش عمومی در سرویس آزمایشگاهی ملی بهداشت ، (NGS-SA)، پیوندهای خوب با آزمایشگاه‌های خصوصی، مرکز داده‌های بهداشت استان در استان کیپ غربی ، و پیشرفته‌ترین تخصص مدل سازی .

علاوه بر این، آفریقای جنوبی چندین آزمایشگاه دارد که می‌توانند رشد کنند و ویروس واقعی را مطالعه کنند و کشف کنند که آنتی‌بادی‌هایی که در پاسخ به واکسیناسیون یا عفونت قبلی تشکیل شده‌اند تا چه اندازه می‌توانند ویروس جدید را خنثی کنند. این داده ها به ما این امکان را می دهد که ویروس جدید را مشخص کنیم.

نوع بتا در مقایسه با “نوع وحشی” یا “اجدادی” SARS-CoV-2 بسیار کارآمدتر بین مردم پخش شد و باعث موج دوم همه گیری آفریقای جنوبی شد. بنابراین به عنوان یک نوع نگرانی طبقه بندی شد. در طول سال 2021، نوع دیگری از نگرانی به نام دلتا در بسیاری از نقاط جهان، از جمله آفریقای جنوبی، جایی که موج سوم همه گیری را ایجاد کرد، گسترش یافت .

اخیراً، توالی‌یابی معمول توسط آزمایشگاه‌های عضو Network for Genomics Surveillance یک نسل ویروس جدید به نام B.1.1.529 را در آفریقای جنوبی شناسایی کرد. هفتاد و هفت نمونه جمع آوری شده در اواسط نوامبر 2021 در استان گوتنگ دارای این ویروس بودند. همچنین به تعداد کمی از کشورهای همسایه بوتسوانا و هنگ کنگ گزارش شده است. گزارش شده است که پرونده هنگ کنگ مسافری از آفریقای جنوبی است .

سازمان بهداشت جهانی به B.1.1.529 نام Omicron را داده و آن را به عنوان یک نوع نگران کننده مانند بتا و دلتا طبقه بندی کرده است .

چرا آفریقای جنوبی انواع نگران کننده را ارائه می کند؟

ما به طور قطع نمی دانیم. مطمئناً به نظر می رسد بیش از نتیجه تلاش های هماهنگ برای نظارت بر ویروس در گردش باشد. یک نظریه این است که افرادی با سیستم ایمنی بسیار ضعیف، و افرادی که عفونت فعال طولانی مدت را تجربه می کنند، زیرا نمی توانند ویروس را پاک کنند، ممکن است منبع انواع ویروسی جدید باشند.

فرض بر این است که درجاتی از “فشار ایمنی” (که به معنای پاسخ ایمنی است که به اندازه کافی قوی نیست تا ویروس را از بین ببرد، اما درجاتی از فشار انتخابی را اعمال می کند که “ویروس را مجبور به تکامل” می کند) شرایط را برای ظهور انواع جدید ایجاد می کند. .

علیرغم یک برنامه درمانی پیشرفته ضد رتروویروسی برای افراد مبتلا به HIV، افراد زیادی در آفریقای جنوبی مبتلا به بیماری HIV پیشرفته هستند و درمان موثری ندارند. چندین مورد بالینی مورد بررسی قرار گرفته است که این فرضیه را تأیید می کند ، اما هنوز چیزهای زیادی برای یادگیری باقی مانده است.

چرا این نوع نگران کننده است؟

پاسخ کوتاه این است که ما نمی دانیم. پاسخ طولانی این است که B.1.1.529 حامل جهش های خاصی است که نگران کننده هستند. آنها قبلاً در این ترکیب مشاهده نشده بودند و پروتئین اسپایک به تنهایی بیش از 30 جهش دارد. این مهم است، زیرا پروتئین اسپایک چیزی است که بیشتر واکسن ها را تشکیل می دهد.

همچنین می توانیم بگوییم که B.1.1.529 دارای مشخصات ژنتیکی بسیار متفاوت از سایر انواع در گردش مورد علاقه و نگرانی است. به نظر نمی رسد که این “دختر دلتا” یا “نوه بتا” باشد، بلکه نشان دهنده دودمان جدید SARS-CoV-2 است.

برخی از تغییرات ژنتیکی آن از گونه های دیگر شناخته شده است و می دانیم که می توانند بر قابلیت انتقال تأثیر بگذارند یا امکان فرار ایمنی را فراهم کنند، اما بسیاری از آنها جدید هستند و هنوز مورد مطالعه قرار نگرفته اند. در حالی که می‌توانیم برخی پیش‌بینی‌ها را انجام دهیم، هنوز در حال مطالعه هستیم که جهش‌ها تا چه حد بر رفتار آن تأثیر می‌گذارند.

ما می خواهیم در مورد قابلیت انتقال، شدت بیماری و توانایی ویروس برای “فرار” از پاسخ ایمنی در افراد واکسینه شده یا بهبود یافته بدانیم. ما در حال مطالعه این موضوع از دو جهت هستیم.

اولاً، مطالعات اپیدمیولوژیک دقیق به دنبال یافتن این موضوع است که آیا دودمان جدید تغییراتی در قابلیت انتقال، توانایی آلوده کردن افراد واکسینه شده یا قبلاً آلوده و غیره را نشان می‌دهد یا خیر.

در عین حال، مطالعات آزمایشگاهی به بررسی خواص ویروس می پردازد. ویژگی‌های رشد ویروسی آن با سایر گونه‌های ویروس مقایسه می‌شود و مشخص می‌شود که ویروس تا چه حد می‌تواند توسط آنتی‌بادی‌های موجود در خون افراد واکسینه شده یا بهبودیافته خنثی شود.

در پایان، اهمیت کامل تغییرات ژنتیکی مشاهده شده در B.1.1.529 زمانی آشکار خواهد شد که نتایج حاصل از همه این انواع مختلف مطالعات در نظر گرفته شود. این یک کار پیچیده، پرهزینه و پرهزینه است که ماه‌ها ادامه خواهد داشت، اما برای درک بهتر ویروس و ابداع بهترین استراتژی‌ها برای مبارزه با آن ضروری است.

آیا نشانه های اولیه نشان می دهد که این نوع باعث علائم متفاوت یا بیماری شدیدتر می شود؟

هنوز هیچ مدرکی برای تفاوت های بالینی وجود ندارد. آنچه شناخته شده است این است که موارد عفونت B.1.1.529 به سرعت در Gauteng افزایش یافته است، جایی که به نظر می رسد چهارمین موج همه گیر کشور در حال شروع است . این نشان دهنده قابلیت انتقال آسان است، البته در زمینه مداخلات غیردارویی بسیار آرام و تعداد کم موارد. بنابراین ما واقعاً نمی‌توانیم بگوییم که آیا B.1.1.529 کارآمدتر از نسخه رایج قبلی دلتا منتقل می‌شود یا خیر.

کووید-19 به احتمال زیاد به صورت بیماری شدید و اغلب تهدید کننده زندگی در افراد مسن و بیماران مزمن ظاهر می شود. اما گروه های جمعیتی که اغلب در ابتدا در معرض یک ویروس جدید قرار می گیرند، افراد جوان تر، متحرک و معمولاً سالم هستند. اگر B.1.1.529 بیشتر گسترش یابد، مدتی طول می کشد تا اثرات آن از نظر شدت بیماری ارزیابی شود.

خوشبختانه به نظر می رسد تمامی تست های تشخیصی که تاکنون بررسی شده اند قادر به شناسایی ویروس جدید هستند.

حتی بهتر از آن، به نظر می‌رسد که برخی از سنجش‌های تجاری پرکاربرد الگوی خاصی را نشان می‌دهند: دو تا از سه توالی ژنوم هدف مثبت هستند، اما سومی اینطور نیست. مثل این است که نسخه جدید به طور مداوم دو تا از سه کادر را در آزمون موجود علامت می‌زند. این ممکن است به عنوان نشانگری برای B.1.1.529 عمل کند، به این معنی که می‌توانیم به سرعت نسبت موارد مثبت ناشی از عفونت B.1.1.529 را در روز و در هر منطقه تخمین بزنیم. این برای نظارت بر شیوع ویروس تقریباً در زمان واقعی بسیار مفید است.

آیا احتمال دارد واکسن های فعلی در برابر نوع جدید محافظت کنند؟

باز هم نمی دانیم. موارد شناخته شده شامل افرادی است که واکسینه شده بودند. با این حال، ما آموخته‌ایم که محافظت ایمنی ارائه شده توسط واکسیناسیون با گذشت زمان کاهش می‌یابد و آنقدر در برابر عفونت محافظت نمی‌کند، بلکه در برابر بیماری شدید و مرگ محافظت می‌کند. یکی از آنالیزهای اپیدمیولوژیک که آغاز شده است، بررسی تعداد افراد واکسینه شده به B.1.1.529 است.

این احتمال که B.1.1.529 ممکن است از پاسخ ایمنی فرار کند نگران کننده است. انتظار امیدوارکننده این است که نرخ بالای شیوع سرمی، افرادی که قبلاً آلوده شده‌اند، که توسط چندین مطالعه مشخص شده است ، درجه‌ای از “ایمنی طبیعی” را برای حداقل یک دوره زمانی ایجاد کند.

در نهایت، همه چیزهایی که تاکنون در مورد B.1.1.529 شناخته شده است، نشان می دهد که واکسیناسیون جهانی هنوز بهترین گزینه ما در برابر کووید-19 شدید است و همراه با مداخلات غیردارویی، کمک زیادی به سیستم مراقبت های بهداشتی برای مقابله با موج آینده خواهد کرد.